Edward y Alphonse Elric son dos hermanos que viven en un pequeño pueblo de un país llamado Amestris. Luego de ser abandonados por su padre, su madre muere de una enfermedad terminal y ambos quedan solos. Edward intenta resucitar a su madre utilizando alquimia, pero el intento resulta fallido. Como consecuencia, pierde su pierna y Alphonse su cuerpo. Así comienzan un viaje para intentar recuperar lo que perdieron, con la esperanza de que la mística piedra filosofal pueda ayudarlos.